Hocheffiziente Einzelzellverarbeitung zur Reduzierung der experimentellen Probengrösse und zur Erforschung der Heterogenität in organoiden Systemen

In diesem Projekt wollte das Team von Prof. Deplancke einen Workflow zur systematischen Charakterisierung einzelner Organoide auf Einzelzellebene entwickeln, um die molekularen Quellen der Heterogenität zu identifizieren.

Organoide, gewebeähnliche Strukturen, die in einer Gewebekulturschale gebildet werden, sind vielversprechende Werkzeuge, um Tiere in der zukünftigen biomedizinischen Forschung effizient zu ersetzen. Ein zentrales Manko der Organoide für die Forschung ist die hohe Heterogenität zwischen gleichartigen Organoiden.

In diesem Projekt wollte das Team von Prof. Deplancke einen Workflow zur systematischen Charakterisierung einzelner Organoide auf Einzelzellebene entwickeln, um die molekularen Quellen der Heterogenität zu identifizieren. Die identifizierten Genexpressionsprofile, die zur Heterogenität zwischen den Organoiden beitragen, würden wichtige Erkenntnisse über zukünftige Optimierungsstrategien zur Generierung homogener Organoid-Populationen liefern – eine absolute Notwendigkeit für den Ersatz von Tiermodellen.

Publikationen

Biočanin M., Bues J., Dainese R., Amstad E., Deplancke B. (2019): Simplified Drop-seq workflow with minimized bead loss using a bead capture and processing microfluidic chip. Lab Chip 19: 1610.